近年来基础医学院主办或承办了“教育部高等学校基础医学类教学指导委员会暨中国高等教育学会医学教育专业委员会基础医学教育联合研讨会（2019年）”、“中国生理学会第一届生理学知识大赛暨国际生理学知识竞赛第五届中国地区赛（2019年）”、“进展论坛暨江苏省免疫学会免疫与代谢专业委员会成立大会（2019年）”、“江苏省研究生免疫与代谢学术创新论坛（2019年）”、“淮海经济区病理高峰论坛（2019年）”、“第四届国际生理学竞赛（2018年）”、“淮海经济区病理高峰论坛（2018年）”、“脑病基础与临床研究学术研讨会（2018年）”、“肠道微生态与免疫学术研讨会（2017年）”、“免疫代谢高峰论坛（2016年）”、“淮海经济区病理高峰论坛（2016年）”、“徐州市法医学会第五次会员代表大会（2014年）”、“江苏省免疫学会高峰论坛（2013年）”、”华东六省一市生物化学与分子生物学学会学术交流会（2012年）” 、“江苏省细胞与发育生物学学会第三届三次理事会（2012年）” 和“国际脑病基础与临床研究国际学术研讨会（2009年）” 等学术会议；邀请了陈国强院士、王广基院士、段树民院士、王红阳院士、金国章院士、苏国辉院士，以及梅林教授等国内外知名的神经科学专家到学校进行学术交流访问。

    在日常工作中，基础医学院为了提高年轻教师科研能力，营造良好的科研氛围，定期开展学术沙龙活动。