基础医学院长期重视学科建设工作，坚持以学科建设促进师资队伍建设、教育教学、科学研究和实验室建设工作，取得了显著成效。目前，生物学学科是博士学位授权一级学科；基础医学学科是硕士学位授权一级学科。

2010年，生物学学科成为首批江苏省高校优势学科建设工程立项学科。通过四年建设，已经形成学科方向稳定、特色明显的学科群。2014年，生物学和基础医学学科等交叉融合的医药生物学学科入选为江苏高校优势学科建设工程二期项目，推动了学院的跨越式发展。基础医学院近五年来发表SCI收录论文116篇，最新科研成果发表在《Proceedings of the National Academy of the Sciences of the United States of America; PNAS》（国际上最具影响力的三大综合性科技期刊之一）；获得国家自然科学奖二等奖、江苏省科技进步奖二等奖等多项奖励；目前在研国家自然科学基金项目41项，其中面上项目17项；获得国家发明专利及实用新型专利近20项。

基础医学院1985年开始培养硕士研究生，1996年开始与大连医科大学、中国科学院上海药物研究所、中国科技大学、南京医科大学和第四军医大学等单位联合培养博士研究生，2014年开始独立招收博士研究生。现有二级学科博士点4个（生物化学与分子生物学、生理学、微生物学、发育生物学），二级学科硕士点11个（生物化学与分子生物学、生理学、微生物学、发育生物学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学）。截至2021年，已毕业博士研究生36人、硕士研究生561人，培养了一大批基础扎实、科研能力强、综合素质高的创新性人才。2014年生物学学科获准设立博士后科研流动站，标志着基础医学院在研究生培养方面又提升了一个层次。

学院现有省重点实验室3个（江苏省脑病生物信息重点实验室、江苏省免疫与代谢重点实验室、江苏省医学基因检测工程研究中心）、徐州市重点实验室3个（生理功能与损伤重点实验室、临床与实验病理学重点实验室、感染与免疫重点实验室）、科研实验中心1个（生物化学与分子生物学研究中心）。通过重点建设和资源整合，形成了蛋白质组学实验平台、电生理学实验平台、形态学实验平台、行为学实验平台等高水平研究平台，为开展高水平科学研究工作和人才培养提供了良好的基础条件。

近5年，学院主办或承办了“基础医学的创新与发展——教育部高等学校基础医学类教学指导委员会暨中国高等教育学会医学教育专业委员会基础医学教育联合研讨会（2019年）”、“江苏省研究生免疫与代谢学术创新论坛（2019年）、” “免疫代谢进展论坛”（2016-2019年）、“脑病基础与临床研究学术研讨会”（2018年）、“淮海经济区病理高峰论坛会议”（2016-2019年） 等14次全国学术会议；邀请了吴岩司长、陈国强院士、王广基院士、段树民院士、王红阳院士、金国章院士、苏国辉院士，以及众多国内外知名的专家学者到学院进行学术交流访问；开展的国内外科技合作项目有5项；参加国际学术会议的教师有27人次。

学院积极加强国际交流与合作，与澳大利亚卧龙岗大学合作共同成立中澳免疫与代谢国际合作研究中心；长期与澳大利亚卧龙岗大学、美国北卡罗莱纳大学教堂山分校、美国纽约医学院、美国加州大学圣地亚哥分校、应该国家心肺研究院、日本福岛县立医科大学、新加坡国立大学和香港大学等国际知名院校、科研机构建立了密切联系，进行科研合作、学术交流。