学院下设12个教研室：病原生物学与免疫学教研室、病理生理学教研室、病理学教研室、生物化学教研室、生理学教研室、组织学与胚胎学教研室、人体解剖学教研室、遗传学教研室、细胞生物学与神经生物学教研室、生物信息学教研室、医学实验动物学教研室、生物技术教研室。1个国家级基础医学实验教学示范中心：基础医学国家级实验教学示范中心，下设3个省级实验教学示范分中心，包括医学生物实验学分中心、人体机能实验学分中心、医学形态实验学分中心。2个江苏省重点实验室：江苏省脑病生物信息重点实验室、江苏省免疫与代谢重点实验室。1个江苏省国际合作实验室：江苏省免疫与代谢国际合作联合实验室。1个江苏省工程研究中心：江苏省多基因重大疾病精准诊疗工程研究中心。5个徐州市重点实验室：徐州市感染与免疫重点实验室、徐州市临床与实验病理学重点实验室、徐州市生理功能与损伤重点实验室、徐州市神经生物学重点实验室、徐州市人类疾病动物模型重点实验室。2个徐州市工程研究中心：徐州市多基因重大疾病精准诊疗工程研究中心、徐州市神经退行性疾病诊疗生物制剂研发工程中心。4个职能办公室：党政办公室、教学办公室、学科建设与科研管理办公室、学生工作办公室。