基础医学院是我校研究生培养历史最长、学科优势突出、师资力量雄厚、科研条件先进的二级学院。学院自1985年开始培养硕士研究生，1996年开始与大连医科大学、中国科学院上海药物研究所、中国科技大学、南京医科大学和第四军医大学等单位联合培养博士研究生，2014年开始独立招收博士研究生。2011年生物学和基础医学成为硕士学位授权一级学科，2013年生物学成为博士授权一级学科，2014年生物学获准设立博士后科研流动站，2022年基础医学动态调整为博士授权一级学科。学院现有二级学科博士点6个（人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、免疫学、病理学与病理生理学、法医学、医学生物化学与分子生物学），二级学科硕士点10个（生物化学与分子生物学、生理学、发育生物学、微生物学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、医学生物化学与分子生物学）。截至2023年，已毕业博士研究生43人、硕士研究生近700人，培养了一大批基础扎实、科研能力强、综合素质高的创新性人才。

近5年，学院专门的资金支持研究生参加国内外学术交流，有85人次研究生参加过国内外学术学术会议交流，8人参加海外研修；2019年举办江苏省研究生“免疫与代谢”学术创新论坛；研究生就业率接近100%，广泛就职于科研院所、三甲医院、疾控中心等单位；硕士生毕业后继续攻读博士研究生者17名；硕士生为第一作者在SCI收录期刊发表论文24篇；6人获得国家奖学金；获江苏省研究生创新工程课题37项；江苏省优秀硕士论文2篇。