基础医学院长期重视学科建设工作，坚持以学科建设促进师资队伍建设、教育教学、科学研究、实验室建设、交流合作、社会服务与文化传承，取得了显著成效。目前，基础医学是博士学位授权一级学科；生物学是硕士学位授权一级学科。
2011年，基础医学和生物学获批硕士学位授权一级学科，生物学成为首批江苏省高校优势学科建设工程立项学科，已经形成学科方向稳定、特色明显的学科群。2013年，生物学获批博士学位授权一级学科。2014年，生物学、基础医学与药学等学科交叉融合的医药生物学入选为江苏高校优势学科建设工程二期项目。2018年，基础医学入选建设高校优势学科建设工程三期项目，推动了学院的跨越式发展。2022年，基础医学获批博士学位授权一级学科。
